אי מסתוריבית יתומים עזובסדרה של תצלומים מוזריםרגע לפני מותו בלב יער בלילה אפל, סבו של ג'ייקוב מספיק לומר רק שהמפלצות חזרו. ג'ייקוב בן ה-16 יודע שכדי לגלות מה קרה הוא חייב לנסוע לאי מבודד, אי-שם ליד חופי וֵיילס, אל המעון של מיס פרגרין לילדים משונים.כל חייו שמע ג'ייקוב את סיפוריו של סבו על המעון של מיס פרגרין, בית היתומים שבו התגורר בימי מלחמת העולם השנייה, וראה את תמונותיהם של הילדים המיוחדים ששהו שם: הילדה שריחפה באוויר, הילד שהרים בידו סלעים ענקיים. לעתים הזכיר הסב גם את המפלצות. ג'ייקוב אף פעם לא ידע בוודאות אם הסיפורים הם אמת או בדיה, אבל עכשי